สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 5 (นครปฐม) ได้รับการรับรองระบบการจัดการสิ่งแวดล้อมตามมาตรฐานสากล ISO 14001:2015 ตั้งแต่วันที่ 21 กันยายน 2563 จาก บริษัท เอส จี เอส (ประเทศไทย) จำกัด โดยสำนักงานฯ มุ่งเน้นการป้องกันมลพิษและรักษาสิ่งแวดล้อม เพื่อเป็นองค์กรต้นแบบด้านการบริหารจัดการสิ่งแวดล้อมอย่างเป็นระบบ